Regionen tar en avgift på 25 kronor per matkasse som transporteras från en ö till en annan. Men nu meddelar Trafikförvaltningen att handlarna kan få tillbaka 20 kronor i fraktbidrag.
För butikerna på öarna kom beskedet som en överraskning i slutet av förra veckan.
– Trots att jag har varit i kontakt med Trafikförvaltningen flera gånger och kritiserat både storleken på avgiften och att den överhuvudtaget införts har ingen berättat något om bidraget, säger Carl Hamacher, som driver Tempo på Runmarö och är ordförande i företagarföreningen Skärgårdshandlarna.
För kunder som bor på en ö, köper matvaror från en annan och får dem transporterade per båt innebär det nya beskedet att avgiften per kasse nu sjunker från 25 kronor till fem kronor.
Från Trafikförvaltningen säger man att reglerna funnits där hela tiden och att det är beklagligt om handlarna och media inte uppfattat det.
Även för David Samuelsson, ordförande i Möja konsumtionsförening, kom det nya, tydliga beskedet om fraktbidraget som en överraskning.
– Det är välkommet, men jag kan inte låta bli undra hur stor den administrativa kostnaden blir när man först tar ut en avgift och sedan betalar tillbaka nästan hela avgiften som bidrag, säger han.
Ren praktiskt går det till så att skärgårdshandlaren faktureras för sina bokade transporter. De faktureras av den upphandlade leverantören som ansvarar för godsuppdraget (Ressel Rederi AB).
Sedan kan skärgårdshandlaren skicka fakturan till Waxholmsbolaget för ansökan om fraktbidrag.
Fraktbidraget innebär att handlaren får tillbaka 80 procent av sina fraktkostnader, vilket innebär att en matkasse totalt kostar fyra kronor exklusive moms (eller fem kronor inklusive moms).
För att en butik ska ha rätt till fraktbidrag krävs att livsmedelsbutiken har sin verksamhet på ö utan bro, tunnel eller statlig färja.
Det finns också krav på att butiken ska vara en dagligvaruhandel och bedriva näringsverksamhet med bokföringsplikt.